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Das BMF hat einen ausführlichen Einführungserlass zur steuerlichen Behandlung von Zeitwertkonten-Modellen nach dem Gesetz zur Verbesserung der Rahmenbedingungen für die Absicherung flexibler Arbeitszeitregelungen (kurz Flexi-II-Gesetz) veröffentlicht.
Nach dem Flexi-II-Gesetz werden Langzeitkonten als Wertguthaben klarer als bisher von anderen Regelungen zur Flexibilisierung der Arbeit, wie Gleitzeit, abgegrenzt.
Nur solche Arbeitszeitkonten sind Wertguthaben, die nicht den Ausgleich von täglichen Arbeitszeitschwankungen zum Ziel haben, sondern zum Ansparen von Geld vorrangig für längere Freistellungsphasen, z.B. für Pflegezeit oder „Sabbatical“, gedacht sind.
Das Gesetz ist am 1.1.2009 in Kraft getreten.

Flexi: BMF 17.6.09, IV C 5 – S 2332/07/0004
Altersvorsorge: BMF 20.1.09, IV C 3 – S 2496/08, BStBl I 09, 273, Rz.189

Die Ausführungen des BMF gelten grundsätzlich ab dem 1.1.2009. Für bis 2008 eingerichtete Zeitwertkonten gibt es jedoch Übergangsregelungen. Bei solchen Zeitwertkonten-Modellen wird der Arbeitslohn nicht sofort ausgezahlt, sondern beim Arbeitgeber nur betragsmäßig erfasst und erst später in einer Phase der Freistellung ausbezahlt. Neu geregelt wurden insbesondere Insolvenzschutz und die Portabilität der Zeitwertkonten auf die Deutsche Rentenversicherung Bund.
Die Gutschriften von laufendem Arbeitslohn, Einmal- oder Sonderzahlungen auf dem Zeitwertkonto führen noch nicht zum Zufluss beim Steuerpflichtigen. Die Besteuerung wird erst bei Auszahlung während der Freistellung ausgelöst. Sofern das Guthaben zugunsten der betrieblichen Altersversorgung herabgesetzt wird, wird dies steuerlich als Entgeltumwandlung anerkannt.
Die steuerliche Behandlung richtet sich dann nach dem gewählten Durchführungsweg der Altersversorgung. Das Schreiben nimmt darüber hinaus zur Zeitwertkontengarantie Stellung, von der die steuerliche Anerkennung abhängt, und zur Übertragung des Guthabens bei Beendigung der Beschäftigung.
Begünstigt sind Arbeitnehmer in einem gegenwärtigen Dienstverhältnis, also auch Mini-Jobber. Bei befristeten Dienstverhältnissen werden Zeitwertkonten steuerlich nur dann anerkannt, wenn die angesparten Guthaben innerhalb der vertraglich vereinbarten Befristung durch Freistellung ausgeglichen werden. Der Zufluss auf Zeitwertkonten an Vorstandsmitglieder einer AG oder Geschäftsführer einer GmbH führt hingegen sofort zu steuerpflichtigem Arbeitslohn oder kann eine verdeckte Gewinnausschüttung darstellen.