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Der BFH hat in zwei Urteilen zur Mindestbesteuerung entschieden, dass die ehemalige beschränkte Verlustverrechnung in der Regel keine Anwendung findet. Zum zwischen 1999 und 2003 geltenden § 2 Abs. 3 EStG a.F. hatte er zunächst das Verfahren dem BVerfG wegen eines möglichen Verstoßes gegen das Gebot der Normenklarheit vorgelegt, was jedoch im Oktober 2010 als unzulässig verworfen wurde.
Nunmehr stellt der BFH klar, dass im Rahmen eines Rücktrags solche Verluste abzusetzen sind, die nur aufgrund der Einschränkung durch die Mindestbesteuerung damals nicht oder nur zum Teil berücksichtigt werden konnten. Das gilt aber grundsätzlich nur für negative Einkünfte, die wirtschaftlich tatsächlich erzielt worden sind.
BFH 9.3.11, IX R 72/04, IX R 56/05,
BVerfG 12.10.10, 2 BvL 59/06, BFH/NV 10, 2387

Da der Wortlaut der Norm – nicht nur nach Meinung des BFH – für sich genommen keinen eindeutigen Sinn ergibt, ist die Regelung bei sogenannten unechten Verlusten wirtschaftlich zu verstehen.
Das betrifft auch die Auslegung des damaligen Normzwecks, wonach die Einschränkung der Verrechnung in den verfassungsrechtlichen Grenzen des Besteuerungseingriffs sowie im gesetzgeberischen Willen nur unechte Verluste betreffen kann. Dabei zählten nach Maßgabe der wirtschaftlichen Betrachtungsweise negative Einkünfte, soweit sie auf die Inanspruchnahme von Sonderabschreibungen zurückzuführen sind, zu den unechten Verlusten.
Lediglich die regulären oder erhöhten Absetzungen für Abnutzung oder Substanzverringerung führten nicht zu einem buchmäßigen, sondern einem erzielten echten Verlust. Grundsätzlich können nun in offenen Altfällen wirtschaftlich erzielte echte Verluste bei der Berechnung der Summe der Einkünfte in vollem Umfang horizontal und vertikal ausgeglichen werden. Beim Rücktrag eines Verlusts aus 1999 nach 1998 ist § 2 Abs. 3 EStG aber nicht anzuwenden.