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Das Einkommen der Organgesellschaft wird nur den Organträger-Personengesellschaften nach dem allgemeinen Gewinnverteilungsschlüssel zugerechnet, die zu diesem Zeitpunkt am Organträger beteiligt sind.
Der BFH verweist darauf, dass Organträger und -gesellschaft zivil- und steuerlich verschiedene Rechtsträger bleiben und ihr jeweiliges Einkommen selbstständig zu ermitteln haben.
BFH 28.2.13, IV R 50/09

Erst dann ist dem Organträger auch das Organeinkommen nach § 14 KStG zuzurechnen.
Aus diesem Ergebnis ergeben sich die Folgen dafür, welchen Gesellschaftern einer Organträger-Personengesellschaft Einkommen der Organgesellschaft zugerechnet werden, wenn es im Laufe des Wirtschaftsjahres zu Änderungen im Bestand der Gesellschafter kommt.
Bei einem unterjährigen Gesellschafterwechsel erfolgt die Zurechnung des Organeinkommens nicht nach dem allgemeinen Gewinnverteilungsschlüssel unter Berücksichtigung der Dauer der Beteiligung der Gesellschafter am Organträger, sondern nur bei denen, die im Zeitpunkt der Einkommenszurechnung tatsächlich beteiligt sind.
Der ausscheidenden Gesellschaft wird daher kein Einkommen zugerechnet werden, obwohl sie es kontinuierlich übers Jahr und nicht erst mit der Gewinnabführung erwirtschaftet. Daraus kann aber nicht der Schluss gezogen werden, das Organeinkommen zeitanteilig zuzurechnen.
Dies würde bei der Organgesellschaft beim Ausscheiden eine Zwischenbilanz voraussetzen, um bis dahin realisierte Gewinne oder Verluste zu erfassen. Eine solche Pflicht zur Aufstellung bestehe aber nicht, betont der BFH.