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Nach Ansicht des BFH unterliegen Erstattungszinsen nach § 233a AO nicht der Besteuerung, soweit sie auf gemäß § 12 Nr. 3 EStG nicht abziehbare Steuern entfallen. § 12 Nr. 3 EStG weist diese Steuern dem nichtsteuerbaren Bereich zu. Abweichend von der geänderten Rechtsprechung ist durch das zwischenzeitlich in Kraft getretene Jahressteuergesetz 2010 eine ausdrückliche Regelung im § 20 Abs. 1 Nr. 7 EStG getroffen worden, wonach erstattete Einkommensteuerzinsen als Kapitaleinnahmen der Besteuerung unterliegen. Danach bleibt es auch rückwirkend bei der bisherigen Rechtsanwendung.
BFH 15.6.10, VIII R 33/07


Im KStG wurde keine entsprechende Gesetzesänderung vorgenommen, insbesondere nicht in § 10 Nr. 2 KStG. Nach einem Beschluss der Körperschaftsteuer-Referatsleiter des Bundes und der Länder hat das BFH-Urteil keine Bedeutung für den Bereich des KStG. Die Wirkung ist auf die Einkommensteuer begrenzt, da insoweit Einnahmen dem nichtsteuerbaren Bereich zugeordnet werden können. Kapitalgesellschaften hingegen verfügen steuerlich gesehen jedoch über keine außerbetriebliche Sphäre. Deshalb sind dem Grunde nach alle Einnahmen Betriebseinnahmen, dies gilt auch für Erstattungszinsen. Daher bleibt die Regelung in R 48 Abs. 2 S. 2 KStR in Hinsicht auf das Abzugsverbot von steuerlichen Nebenleistungen unverändert bestehen. Auch Erstattungszinsen zur Gewerbesteuer zählen weiterhin zu den steuerpflichtigen Einnahmen. Nach § 4 Abs. 5b EStG werden nur die Nachzahlungszinsen als nichtabzugsfähige Betriebsausgabe behandelt.
Sollten Einsprüche gegen Körperschaft- und Gewerbesteuerbescheide mit der Begründung eingelegt werden, eine Erfassung der Zinsen sei rechtswidrig, gewährt die Verwaltung keine Aussetzung der Vollziehung.